Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam
Pasal 2, Kantor Otoritas Pelabuhan Utama menyelenggarakan fungsi:
a. pelaksanaan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan;
b. pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur-pelayaran, dan jaringan jalan;
c. pelaksanaan penyediaan dan pemeliharaan Sarana Bantu Navigasi Pelayaran;
d. pelaksanaan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan;
e. pelaksanaan penyusunan
Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan pelabuhan, serta pengawasan penggunaannya;
f. pelaksanaan pengusulan tarif untuk ditetapkan Menteri, atas penggunaan perairan dan/atau daratan, dan fasilitas pelabuhan yang disediakan oleh Pemerintah serta jasa kepelabuhanan yang diselenggarakan oleh Otoritas Pelabuhan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
g. pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal;
h. pelaksanaan penjaminan keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan;
i. pelaksanaan penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan yang diperlukan oleh pengguna jasa yang belum disediakan oleh Badan Usaha Pelabuhan;
j. pelaksanaan pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan untuk melakukan kegiatan pengusahaan di pelabuhan;
k. penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan; dan
l. pengelolaan urusan tata usaha, kepegawaian, keuangan, hukum dan hubungan masyarakat.