Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam
Pasal 3, Kantor Departemen Agama Kabupaten mempunyai fungsi:
a. perumusan dan penetapan visi, misi, serta kebijakan teknis di bidang pelayanan dan bimbingan kehidupan beragama di Kabupaten Kepulauan Aru;
b. pembinaan dan pelayanan di bidang bimbingan masyarakat Islam, pelayanan haji dan umrah, pengembangan zakat dan wakaf, pendidikan agama dan keagamaan, pondok pesantren, penerangan agama dan bimbingan masyarakat Kristen sesuai peraturan perundang-undangan;
c. pelaksanaan kebijakan teknis di bidang pengelolaan administrasi dan informasi keagamaan;
d. pengkoordinasian penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja di lingkungan Kantor Wilayah Kabupaten/Kota; dan
e. pelaksanaan hubungan dengan pemerintah daerah, instansi terkait, dan lembaga masyarakat dalam rangka pelaksanaan tugas Departemen Agama di Kabupaten.