Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam
Pasal 2, Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta menyelenggarakan fungsi:
a. pengkajian benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
b. pengumpulan benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
c. pelaksanaan registrasi dan dokumentasi benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
d. perawatan benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
e. pelaksanaan pengamanan benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
f. pelaksanaan penyajian dan publikasi benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
g. pelaksanaan layanan edukasi di bidang benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
h. pelaksanaan kemitraan di bidang sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
i. fasilitasi pengkajian, pengumpulan, perawatan, pengamanan, penyajian, dan layanan edukasi di bidang benda dan sejarah perjuangan bangsa INDONESIA di wilayah Yogyakarta;
j. pelaksanaan pengelolaan perpustakaan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta; dan
k. pelaksanaan urusan ketatausahaan Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta.