UIN Jakarta terdiri dari:
a. Dewan Penyantun;
b. Rektor dan Pembantu Rektor
c. Senat Universitas;
d. Fakultas:
1) Ilmu Tarbiyah dan Keguruan;
2) Adab dan Humaniora;
3) Ushuluddin dan Filsafat;
4) Syari’ah dan Hukum;
5) Dakwah dan Komunikasi;
6) Dirasat Islamiyah;
7) Psikologi;
8) Ekonomi dan Ilmu Sosial;
9) Sains dan Teknologi;
10) Kedokteran dan Ilmu Kesehatan;dan 11) Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
e. Program Pascasarjana;
f. Lembaga Penelitian;
g. Lembaga Pengabdian kepada Masyarakat;
h. Biro Administrasi Akademik dan Kemahasiswaan;
i. Biro Perencanaan, Keuangan dan Sistem Informasi;
www.djpp.kemenkumham.go.id
j. Biro Administrasi Umum dan Kepegawaian; dan
k. Unit Pelaksana Teknis:
1) Perpustakaan; dan 2) Pusat Bahasa dan Budaya.
2. Ketentuan
Pasal 12 huruf diubah, sehingga seluruhnya berbunyi sebagai berikut: