Beberapa ketentuan dalam Peraturan PRESIDEN Nomor 9 Tahun 2005 tentang kedudukan, Tugas, Fungsi Susunan Organisasi, dan Tata Kerja Kementerian Negara Republik INDONESIA yang telah beberapa kali diubah dengan Peraturan PRESIDEN:
a. Nomor 62 Tahun 2005
b. Nomor 90 Tahun 2006
c. Nomor 94 Tahun 2006 diubah sebagai berikut:
1. Ketentuan Pasal 132 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 132
(1) Wakil Menteri Luar Negeri, Sekretaris Kementerian Koordinator, Sekretaris Jenderal Kementerian Negara, Deputi, Direktur Jenderal, Inspektur Jenderal, dan Kepala Badan adalah jabatan struktural eselon I.a.
(2) Staf Ahli adalah jabatan struktural eselon I.b atau serendah-rendahnya eselon II.a.
(3) Kepala Biro, Asisten Deputi, Direktur, Kepala Pusat, Inspektur, Sekretaris Direktorat Jenderal, Sekretaris Badan, dan Sekretaris Inspektur Jenderal adalah jabatan struktural eselon II.a.
(4) Kepala Bagian, Kepala Bidang, dan Kepala Subdirektorat adalah jabatan struktural eselon III.a.
(5) Kepala Subbagian, Kepala Subbidang, dan Kepala Seksi adalah Jabatan strutural eselon IV.a."
2. Ketentuan Pasal 133 diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 133
(1) Wakil Menteri Luar Negeri, Sekretaris Kementerian Koordinator, Sekeretaris Jenderal, Inspektur Jenderal, Sekretaris Kementerian Negara, Deputi, Direktur Jenderal, Inspektur Jenderal, Kepala Badan dan Staf Ahli diangkat dan diberhentikan oleh PRESIDEN atas usul Menteri yang bersangkutan.
(2) Pejabat Struktural eselon II ke bawah diangkat dan diberhentikan oleh Menteri yang bersangkutan.
(3) Pejabat Struktural eselon III ke bawah dapat diangkat dan diberhentikan oleh Pejabat yang diberi pelimpahan wewenang oleh Menteri."
3. Ketentuan Pasal 139 huruf a diubah, sehingga berbunyi sebagai berikut:
"Pasal 139
a. Departemen Luar Negeri
1) Menteri Luar Negeri dibantu oleh seorang Wakil Menteri 2) Sekretaris Jenderal terdiri dari paling banyak 6 (enam) Biro, masing-masing Biro dapat terdiri dari paling banyak 5 (lima) Bagian, dan masing-masing Bagian terdiri dari paling banyak 4 (empat) Subbagian.
3) Inspektorat Jenderal terdiri dari:
a. Sekretariat Inspektorat Jenderal terdiri dari paling banyak 5 (lima) Bagian, dan masing- masing bagian terdiri dari paling banyak 4 (empat) Subbagian;
b. Inspektorat paling banyak 4 (empat) dan masing-masing Inspektorat terdiri dari Subbagian Tata Usaha dan Kelompok Jabatan Fungsional.
4) Direktorat Jenderal terdiri dari:
a) Sekretaris Direktorat Jenderal terdiri dari paling banyak 5 (lima) Bagian, dan Masing- masing Bagian terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Subbagian;
b) Direktorat paling banyak 6 (enam) masing- masing Direktorat terdiri dari paling banyak 5 (lima) Subdirektorat terdiri dari paling banyak 4 (empat) Seksi.
5) Badan terdiri dari:
a) Sekretariat Badan terdiri dari paling banyak 4 (empat) Bagian, dan masing-Masing Bagian terdiri dari paling banyak 3 (tiga) Subbagian;
b) Pusat paling banyak 3 (tiga), masing-masing Pusat terdiri dari kelompok jabatan fungsional dan/atau dapat terdiri dari paling banyak 5 (lima) Bidang, dan masing-masing Bidang terdiri dari paling banyak 4 (empat) Subbagian."